Предыстория Музея археологии и этнографии ОмГПУ связана с именами крупных советских археологов исследователей Западной Сибири и Алтая – Вячеслава Александровича Могильникова и Владимира Ивановича Матющенко. В экспедициях под их руководством был собран материал для первых коллекций, который поначалу размещался в кабинете археологии исторического факультета ОмГПУ.

На сегодняшний день экспонаты с раскопок КрАК составляют значительную часть фондов музея. В 2008 году, по требованию федерального агентства Росохранкультура, музей был выведен из состава исторического факультета в самостоятельную структуру ОмГПУ.